1921 war geplant, dass Sopron die Hauptstadt des Burgenlandes werden sollte. Doch eine Volksabstimmung ging zu Gunsten Ungarns aus, somit blieb die Stadt bei Ungarn und das junge Burgenland musste sich auf eine andere Landeshauptstadt einigen.

Am 30. April 1925 wurde Eisenstadt zum Sitz der Landesregierung gewählt. Eisenstadt setzte sich somit gegen Bad Sauerbrunn, Pinkafeld und Mattersburg durch. Grund dafür waren das Schloss Esterházy, die sehenswerten Bauten, ein Hotel und der Fakt, dass Eisenstadt schon Sitz der Bezirkshauptmannschaft, eines Bezirksgerichtes, der obersten Polizeigewalt und der Standort der Garnison war.

Die Bausubstanz des heutigen Rathauses geht auf 1560 zurück. Der Umbau zum Rathaus erfolgte 1648, nachdem Eisenstadt zur königlichen Freistadt erhoben wurde. Seit 1649 fungiert dieses Haus als Rathaus von Eisenstadt.

Das Innere des Hauses wurde mehrfach umgebaut, im Zuge des modernen Neubaus hofseitig von 1999 – 2001 wurde auch der historische Teil umfassend saniert.