Am 20. Februar 1760 unterzeichnete Fürst Paul II. Anton Esterházy den Stiftungsbrief für die Apotheke, die Kirche und das Hospital.

Nach Gegenzeichnung durch Kaiserin Maria Theresia erfolgte die feierliche Übergabe am 13.06.1760. Das kleine Hospital hatte in dieser Zeit acht Betten. Es blieb bis in die 30er Jahre des 20. Jahrhunderts ein kleines Krankenhaus, wobei in dieser Zeit verschiedene bauliche Maßnahmen umgesetzt wurden.

Auf Einladung von Fürst Paul Esterházy kam der Orden der Barmherzigen Brüder nach Eisenstadt, um die medizinische Versorgung in der Region zu verbessern. Im Laufe der Jahrzehnte entwickelte sich die kleine Einrichtung zu einem modernen Krankenhaus. Während des Zweiten Weltkrieges wurde das Krankenhaus stark in die Kriegsmedizin einbezogen, konnte aber nach Kriegsende wieder in den Dienst der Allgemeinbevölkerung gestellt werden.

Seit den 1970er Jahren wurde das Krankenhaus kontinuierlich modernisiert und erweitert.