Mit der Aufhebung der Grundherrschaft nach 1848 erlosch das Abhängigkeitsverhältnis zum Haus Esterházy, die jüdische Gemeinde wurde eine selbständige Dorfgemeinde, deren nun freie Bürgerinnen und Bürger die „Israeliten-Gemeinde Eisenstadt“ bildeten.

Bereits 1876 konnten die meisten der jüdischen Gemeinden ihre Autonomie nicht mehr aufrechterhalten und es waren nur mehr zwei politisch autonome Judengemeinden übergeblieben: Mattersdorf und Eisenstadt. Auch Mattersdorf wurde 1903 mit der christlichen Gemeinde vereinigt und Eisenstadt sollte die einzige Gemeinde bleiben, die ihre Autonomie bis 1938 erhalten konnte.
Ein Unikum in Europa, wie es Bundespräsident Dr. Michael Hainisch angeblich anlässlich eines Besuches ausdrückte.

Im Oktober 1938 verließen die letzten Jüdinnen und Juden Eisenstadt. Am 01.11.1938 meldete die Kultusgemeinde, dass „sämtliche Kulturgemeinden des Burgenlandes… nicht mehr existieren.“ Die letzte jüdische Geburt in Eisenstadt vor November 1938 war Gertrude Weiß, geboren am 05.08.1938. Die letzte jüdische Hochzeit fand 2 Monate vorher, am 13.06.1938 zwischen Hugo Soltesz und Charlotte Geiger statt. Der letzte Rabbiner, Jaffe Markus Schlesinger, emigrierte 1938 nach Palästina.

Das Jahr 1938 hatte für die jüdische Gemeinde Eisenstadt das endgültige Aus bedeutet, ab November 1938 galt das Burgenland als „judenrein“. Auch die Eisenstädter Synagoge wurde zerstört. 1972 wurde das Österreichische Jüdische Museum im Wertheimerhaus gegründet.